ORFhunteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.ORFhunteR

这是发展ORFhunteR版本;稳定的发布版本,请参阅ORFhunteR。

预测核苷酸序列的开放阅读框架

Bioconductor版本:发展(3.16)

ORFhunteR包是一个R和c++库自动测定和注释的开放阅读框(ORF)在一个大的RNA分子。它有效地实现了基于核苷酸序列的向量化的机器学习模型和随机森林分类算法。ORFhunteR包由一组函数写在R结合c++语言。包的效率分析的例子证实了RNA分子从NCBI RefSeq和运用数据库。包可用于生物医学研究基础研究和应用研究的相关转录组正常的人类细胞改变(例如,癌症)。

作者:瓦西里•诉Grinev (aut (cre),Mikalai Yatskou (aut),维克多诉Skakun (aut),奥斯塔Chepeleva (aut),切赫诉纳扎罗夫(aut)

维护人员:瓦西里•诉Grinev < grinev_vv在bsu.by >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ORFhunteR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ORFhunteR”)

HTML	R脚本	ORFhunteR包:用户手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类,FeatureExtraction,RNASeq,测序,软件,StatisticalMethod,技术
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biostrings,rtracklayer,肽
进口	Rcpp(> = 1.0.3),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,data.table,stringr,randomForest,xfun,统计,跑龙套,平行,图形
链接	Rcpp
建议	knitr,BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/rfctbio-bsu/ORFhunteR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	ORFhunteR_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	ORFhunteR_1.5.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ORFhunteR_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ORFhunteR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ORFhunteR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ORFhunteR/
包下载报告	下载数据