pdatk

doi：10.18129/b9.bioc.pdatk

这是发展PDATK的版本;对于稳定版本，请参阅pdatk。

胰腺导管腺癌工具量

生物导体版本：开发（3.16）

胰腺导管腺癌（PDA）的预后相对较差，是最致命的癌症之一。基因表达谱的分子分类具有识别有意义的亚型的潜力，这些亚型可以在临床环境中为治疗策略提供信息。胰腺癌腺癌工具KIT（PDATK）提供了一种基于S4类的界面，用于执行无监督的亚型发现，跨核管元群集，基于基因表达的分类以及随后的生存分析，以识别在预后有用的癌症癌症癌症中有用的子类型超过。分别包括基于共识的元聚类和整体生存预测，包括两种新方法，即胰腺癌（CSPC）（CSPC）（CSPC）和胰腺癌总生存预测指标（PCOSP）的共有亚型。此外，包括四个已发表的亚型分类器和三个已发表的预后基因签名，以允许用户轻松地重新创建已发布的结果，将现有分类器应用于新数据，并基于新方法的相对性能。现有的生物导体类用作所有PDATK类和方法的输入，可以与现有的生物导体数据集集成，包括Metagxpancreas数据包中可用的21个胰腺癌患者同伙。PDATK已被用来复制Sandhu等人（2019）[https://doi.org/10.1200/cci.18.00102]，并且在此处使用CSPC中的另一篇论文来验证包括已发布的分类器的亚型，包括使用Metagxpancreas中可用的数据。包括这些和其他出版物的亚型质心和预后基因特征，将使研究人员和临床医生能够对新型患者基因表达数据进行分类，从而使PDATK中包含的分类器的直接临床应用。 Overall, PDATK provides a rich set of tools to identify and validate useful prognostic and molecular subtypes based on gene-expression data, benchmark new classifiers against existing ones, and apply discovered classifiers on novel patient data to inform clinical decision making.

作者：Vandana Sandhu [aut]，Heewon Seo [aut]，Christopher Eeles [aut]，Neha Rohatgi [CTB]，Benjamin Haibe-kains [AUT，CRE]

维护者：本杰明·海布·卡因斯

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ pdatk”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ pdatk”）

html	R脚本	PCOSP：胰腺癌总生存预测因子
html	R脚本	pdatk_introduction.html
PDF		参考手册
文本		执照

细节

生物浏览	分类，，，，聚类，，，，基因表达，，，，遗传，，，，药物遗传学，，，，药物基因组学，，，，软件，，，，生存
版本	1.5.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 4.1），总结性特征
进口	Data.Table，，，，多亚sayExexperiment，，，，共识ClusterPlus，，，，Igraph，，，，ggplotify，，，，矩阵，，，，rcolorbrewer，，，，clusterRepro，，，，coregx，，，，商在，，，，幸存者， 方法，S4VECTORS，，，，生物基因，，，，生存，统计plyr，，，，dplyr，，，，矩阵，，，，生物比较，，，，rlang，，，，钢琴，，，，秤，，，，survomp，，，，Genefu，，，，GGPLOT2，，，，开关盒，，，，记者，，，，Proc，，，，确认，UTILS
链接
建议	测试（> = 3.0.0），msigdbr，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，尼特，，，，HDF5Array
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/bhklab/pdatk/issues
取决于我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pdatk_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	pdatk_1.5.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	pdatk_1.5.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pdatk
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pdatk
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/pdatk/
软件包下载报告	下载统计