PSMatch

DOI:10.18129 / B9.bioc.PSMatch

这是发展PSMatch版本;稳定版请参见PSMatch．

处理和管理肽谱匹配

Bioconductor版本:开发(3.16)

PSMatch包可以帮助蛋白质组学从业者加载、处理和管理肽谱匹配。它提供了将肽-蛋白质关系建模为邻接矩阵和连接组件的功能，将这些图形可视化，并对共享肽过滤做出明智的决定。该软件包还提供了计算和可视化MS2片段离子的功能。

作者:Laurent Gatto [aut, cre]，约翰·雷纳[au]，塞巴斯蒂安·吉布[au]， Samuel Wieczorek [ctb]， Thomas Burger [ctb]

维护者:Laurent Gatto < Laurent。Gatto at uclouvain.be>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("PSMatch")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PSMatch”)

超文本标记语言	R脚本	MS2片段离子
超文本标记语言	R脚本	用邻接矩阵理解蛋白质组
超文本标记语言	R脚本	处理PSM数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.1.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	S4Vectors
进口	跑龙套,统计数据,igraph、方法、矩阵，BiocParallel，BiocGenerics，ProtGenerics(> = 1.27.1),QFeatures，MsCoreUtils
链接
建议	msdata，rpx，mzID，mzR，光谱，SummarizedExperiment，BiocStyle，rmarkdown，knitr，factoextra，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/PSM
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/PSM/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	PSMatch_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	PSMatch_1.1.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	PSMatch_1.1.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	PSMatch_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PSMatch
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PSMatch
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/PSMatch/
软件包下载报告	下载数据