Pathostat

doi：10.18129/b9.bioc.Pathostat

这是发展Pathostat的版本；对于稳定版本，请参阅Pathostat。

Pathostat统计微生物组分析软件包

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包的目的是对测序数据样本对元基因组学结果进行统计微生物组分析。特别是，它支持对病原体生成的报告文件的分析。Pathostat提供了各种功能，包括相对丰度图，多样性估计和图，差异丰度测试，时间序列可视化和核心OTU分析。

作者：solaiappan Manimaran ，Matthew Bendall ，sandro valenzuela diaz gmail.com> gmailarar> castro castro ，yue zhao ，Anthony Nicholas Federico ，W。EvanJohnson

维护者：solaiapan manimaran ，yue zhao

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ pathostat”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ pathostat”）

html	R脚本	Pathostat介绍
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	GraphandNetwork，，，，免疫学，，，，宏基因组学，，，，微阵列，，，，微生物组，，，，图案表格，，，，委托人，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.23.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（5。5年）
执照	GPL（> = 2）
依靠	R（> = 3.5）
进口	林玛，，，，公司，，，，矩阵，，，，RESHAPE2，，，，秤，，，，GGPLOT2，，，，Rentrez，，，，DT，，，，花花公子，，，，plyr，，，，dplyr，，，，门索，，，，闪亮的，统计，方法，XML，图形，utils，生物使用，，，，EDGER，，，，deseq2，，，，复杂的图像，，，，情节，，，，Webshot，，，，素食主义者，，，，Shinyjs，，，，Glmnet，，，，Gmodels，，，，rocr，，，，rcolorbrewer，，，，尼特，，，，DevTools，，，，猿
链接
建议	rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/mani2012/pathostat
BugReports	https://github.com/mani2012/pathostat/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pathostat_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	pathostat_1.23.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/pactages/pathostat
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pathostat
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/pathostat/
软件包下载报告	下载统计