波特拉

doi:10.18129/b9.bioc.potra

这是发展Potra的版本;对于稳定版本,请参阅波特拉

Potra:拓扑等级分析的途径

生物导体版本:开发(3.14)

POTRA分析基于生物途径中基因的拓扑等级。Potra可用于检测涉及疾病的途径(Li,Liu&Dinu,2018年)。我们使用Pagerank来测量每种生物途径中基因的相对拓扑等级,然后为每种途径选择集线器基因,并使用Fishers精确测试来确定每个途径中的集线器基因的数量是否从正常变为癌症(Li,Liu,Liu,Liu,liu,&Dinu,2018年)。另外,如果在正常和癌症之间改变了基因拓扑等级的分布,则该途径也可能参与癌症(Li,Liu&Dinu,2018年)。因此,我们使用Kolmogorov – Smirnov检测来检测两个表型之间基因拓扑等级分布的途径(Li,Liu&Dinu,2018)。Potra可以与Devel Graphite库中的KEGG,Biocarta,Reactome,NCI,SMPDB和PharmGKB数据库一起使用。

作者:Chaoxing Li,Li Liu和Valentin Dinu

维护者:valentin dinu

引用(从r内,输入引用(“ Potra”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)#以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install(decon ='devel')biocmanager :: install(“ potra'devel')

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

PDF 参考手册

细节

生物浏览 生物卡尔塔,,,,差异性,,,,基因表达,,,,GraphandNetwork,,,,kegg,,,,网络,,,,途径,,,,Reactome,,,,软件,,,,统计信息
版本 1.9.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(2年)
执照 LGPL
要看 r(> = 3.6.0),统计,生物基因,,,,org.hs.eg.db,,,,Igraph,,,,图形,,,,石墨
进口
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,科尔,,,,代码,,,,repmis
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

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源包
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉)
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/potra
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/potra
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/potra/
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