属属

doi：10.18129/b9.bioc.purecn

这是发展属的版本；对于稳定版本，请参阅属属。

使用目标简短读取测序的复制号码调用和SNV分类

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包估计肿瘤纯度，拷贝数和杂合性丧失（LOH），并根据体细胞状态和克隆性将单核苷酸变体（SNV）分类。PureCN设计用于针对性的简短读取测序数据，与标准的体细胞变体检测和复制号管道良好集成，并支持肿瘤样品，而无需匹配正常样品。

作者：Markus Riester [AUT，CRE]，Angad P. Singh [AUT]

维护者：Markus Riester

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ purecn”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ Purecn”）

html	R脚本	最佳实践，快速启动和命令行的用法
PDF	R脚本	属核包的概述
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	库务，，，，覆盖范围，，，，免疫学，，，，测序，，，，软件，，，，变体，，，，变体挖出
版本	2.3.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（6年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.5.0），DNACOPIGY，，，，变体（> = 1.14.1）
进口	基因组机（> = 1.20.3），iranges（> = 2.2.1），rcolorbrewer，，，，S4VECTORS，，，，Data.Table，grdevices，图形，统计，utils，总结性特征，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，rsamtools，，，，生物酶，，，，生物弦，，，，生物基因，，，，rtracklayer，，，，GGPLOT2，，，，栅格，，，，徒劳，，，，VGAM，工具，方法，mclust，，，，RHDF5，，，，矩阵
链接
建议	生物比较，，，，生物使用，，，，PSCB，，，，r.utils，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，库务，，，，COVR，，，，尼特，，，，Optparse，，，，org.hs.eg.db，，，，jsonlite，，，，降价，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强	GenomicsDB（> = 0.0.3）
URL	https://github.com/lima1/purecn
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	purecn_2.3.0.tar.gz
Windows二进制	purecn_2.3.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	purecn_2.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/purecn
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/purecn
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/purecn/
软件包下载报告	下载统计