REMP

doi：10.18129/b9.bioc.remp

这是发展REMP的版本；对于稳定版本，请参阅REMP。

重复元素甲基化预测

生物导体版本：开发（3.16）

通过学习围绕遗传和表观遗传信息的学习，基于机器学习的工具来预测基因座特异性重复元件（RE）的DNA甲基化。这些工具提供了RE的DNA甲基化预测的全基因组和单碱基分辨率，使用基于阵列或基于测序的平台难以测量，这使得范围基因组范围的关联研究（EWAS）和RE差异甲基化区域（DMR）分析RE。。

作者：Yinan Zheng [AUT，CRE]，Lei Liu [aut]，Wei Zhang [aut]，Warren Kibbe [aut]，lifang hou [aut，cph]

维护者：Yinan Zheng

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ remp”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ REMP”）

PDF	R脚本	REMP包的简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，DataImport，，，，差甲基化，，，，表观遗传学，，，，Genomewideassociation，，，，甲基化array，，，，微阵列，，，，多通道，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件，，，，两通道
版本	1.21.1
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.6），总结性特征（> = 1.1.6），Minfi（> = 1.22.0）
进口	readr，，，，rtracklayer，图形，统计，utils，方法，设置，，，，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，生物弦，，，，基因组机，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，生物比较，，，，多帕尔， 平行，foreach，，，，商在，，，，克恩拉布，，，，游侠，，，，BSGENOME，，，，AnnotationHub，，，，org.hs.eg.db，，，，算，，，，迭代器
链接
建议	Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19，，，，Illuminahumanmethylationepicanno.ilm10b2.hg19，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，minfidataepic
系统要求
增强
URL	https://github.com/yinanzheng/remp
BugReports	https://github.com/yinanzheng/remp/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	remp_1.21.1.tar.gz
Windows二进制	remp_1.21.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	remp_1.21.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/remp
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/remp
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/remp/
软件包下载报告	下载统计