rnasense

doi：10.18129/b9.bioc.rnasense

这是发展rnasense的版本；对于稳定版本，请参阅rnasense。

时间分辨RNA-seq数据的分析

生物导体版本：开发（3.16）

RNA-sense工具比较了两个实验条件下的RNA-Seq时间曲线，即野生型和突变体，并分为三个步骤。在步骤1中，它在一个条件下为每个转录本（即野生型）构建表达式曲线，并测试转录物丰度是否显着增长或衰减。然后将动态转录本按在上下切换的时间点上排序为非重叠组（时配置文件）。在步骤2中，RNA-sense输出差异表达的转录本的组，这些转录本在突变体中与每个时间点相比在突变体中被上调或下调。在步骤3中，计算步骤1的输出（开关向下和向下时间剖面组）和步骤2（差异表达的成绩单组）之间的相关性（Fisher的精确测试）。相关分析的结果被打印为二维颜色图，分别在Y-和X轴上分别具有时间曲线和差异表达组，并促进了数据的生物学解释。

作者：Marcus Rosenblatt [Cre]，Gao Meijang [AUT]，Helge Hass [aut]，Daria Onichtchouk [aut]

维护者：gmail.com上的Marcus Rosenblatt

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ rnasense”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ rnasense”）

html	R脚本	将您的小插图的标题放在这里
PDF		参考手册

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，rnaseq，，，，软件
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.6）
进口	GGPLOT2， 平行，NBPSEQ，，，，QVALUE，，，，总结性特征，统计，utils，方法
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/marcusrosenblatt/rnasense
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rnasense_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	rnasense_1.11.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	rnasense_1.11.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnasense
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rnasense
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rnasense/
软件包下载报告	下载统计