Repitools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Repitools

这是发展Repitools版本;稳定发布版本请参见Repitools．

外遗传性工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

基于富集的表观基因组数据分析工具。功能包括根据基因表达上下文跨启动子的表观基因组数据总结和可视化，发现差异甲基化/结合区域，用于甲基化量化的BayMeth等。

作者:马克·罗宾逊<马克。罗宾逊登录imls.uzh.ch>，Dario Strbenac , Aaron Statham , Andrea Riebler

维护者:Mark Robinson < Mark。罗宾逊登录imls.uzh.ch>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化Bioc devel BiocManager的使用::install(version='devel') BiocManager::install("Repitools")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Repitools”)

PDF	R脚本	用Repitools进行表观基因组测序
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，GeneExpression，MethylSeq，软件
版本	1.43.0
在Bioconductor公司	BioC 2.9 (R-2.14)(10.5年)
许可证	LGPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.8.0)
进口	平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome(> = 1.47.3),gplots、网格质量，gsmoothr，刨边机(> = 3.4.0),DNAcopy，林格，Rsolnp，集群
链接
建议	ShortRead，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Repitools_1.43.0.tar.gz
Windows二进制	Repitools_1.43.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Repitools_1.43.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Repitools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Repitools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Repitools/
软件包下载报告	下载数据