Rhtslib

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rhtslib

这是发展Rhtslib版本;稳定发布版本请参见Rhtslib．

HTSlib高通量测序库作为R包

Bioconductor版本:开发(3.16)

此包提供了用于高通量序列分析的'HTSlib' C库1.15.1版本。这个包主要对希望使用HTSlib的其他R包的开发人员有用。2021欧洲杯体育投注开户使用这个包的动机和说明在vignette, vignette(package="Rhtslib"， "Rhtslib")中。

作者:Nathaniel Hayden[领导，aut]， Martin Morgan [aut]， Bioconductor包装维护人员[cre]

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Rhtslib")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Rhtslib”)

超文本标记语言	R脚本	Rhtslib的动机和使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，测序，软件
版本	1.99.5
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于
进口	zlibbioc
链接	zlibbioc
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements	libbz2 & liblzma & libcurl(带有头文件)，GNU make
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/Rhtslibhttp://www.htslib.org/
BugReports	https://github.com/Bioconductor/Rhtslib/issues
取决于我
进口我	deepSNV，diffHic，maftools，mitoClone2，scPipe
建议我
我的链接	ArrayExpressHTS，bamsignals，BitSeq，csaw，deepSNV，DiffBind，diffHic，epialleleR，火焰，h5vc，maftools，methylKit，mitoClone2，podkat，qrqc，QuasR，Rfastp，Rsamtools，scPipe，seqbias，ShortRead，TransView，VariantAnnotation
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Rhtslib_1.99.5.tar.gz
Windows二进制	Rhtslib_1.99.5.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Rhtslib_1.99.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rhtslib
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rhtslib
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rhtslib/
包下载报告	下载数据