RiboDiPA

DOI:10.18129 / B9.bioc.RiboDiPA

这是发展RiboDiPA版本;稳定发布版本请参见RiboDiPA．

Ribo-seq数据的差分模式分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包对Ribo-seq数据执行差分模式分析。它可以在两种情况下识别核糖体足迹中具有显著不同模式的基因。RiboDiPA包含五个主要组件，包括bam文件处理、p站点映射、数据绑定、差异模式分析和足迹可视化。

作者:李克仁[aut]，马特·霍普[aut]，王晓忠[aut]，王继平[aut, cre]

维护者:Ji-Ping Wang

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RiboDiPA")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“RiboDiPA”)

超文本标记语言	R脚本	RiboDiPA
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneRegulation，ImmunoOncology，归一化，质量控制，RNASeq，RiboSeq，测序，软件
版本	1.5.0
在Bioconductor公司	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	LGPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.1)，Rsamtools，GenomicFeatures，GenomicAlignments
进口	Rcpp(>= 1.0.2)，图形，统计，data.table，精英主义、方法、S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，matrixStats，reldist，doParallel，foreach平行,qvalue，DESeq2，ggplot2，BiocFileCache，BiocGenerics
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	RiboDiPA_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	RiboDiPA_1.5.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	RiboDiPA_1.5.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/RiboDiPA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RiboDiPA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RiboDiPA/
软件包下载报告	下载数据