林格

DOI:10.18129 / B9.bioc.Ringo

这是发展林戈版;稳定版请参见林格．

芯片-芯片寡聚阵列的研究

Bioconductor版本:开发(3.16)

软件包Ringo有助于对ChIP-chip数据进行初步分析。该软件包的主要功能是数据读取，质量评估，数据可视化和识别显示富集在ChIP-chip的基因组区域。该包具有处理用于ChIP-chip项目的NimbleGen的双色寡核苷酸微阵列的功能，但也包含更多用于ChIP-chip数据分析的通用函数，因为数据是作为RGList(原始)或ExpressionSet(预处理)提供的。该包采用了来自Bioconductor项目的各种其他包的功能，并提供了额外的特定于chip- chip和特定于nimblegen的功能。

作者:Joern Toedling, Oleg Sklyar, Tammo Krueger, Matt Ritchie, Wolfgang Huber

维护者:J. Toedling

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Ringo")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“林格”)

PDF	R脚本	R NimbleGen寡聚阵列的研究
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport，微阵列，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	1.61.0
在Bioconductor	BioC 2.0 (R-2.5)(15年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,Biobase(> = 1.14.1),RColorBrewer，limma，矩阵、网格晶格
进口	BiocGenerics(> = 0.1.11),genefilter，limma，vsn, stats4
链接
建议	rtracklayer(> = 1.3.1),mclust，topGO(> = 1.15.0)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	ccTutorial，SimBindProfiles
进口我	Repitools
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Ringo_1.61.0.tar.gz
Windows二进制	Ringo_1.61.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Ringo_1.61.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Ringo
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Ringo
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Ringo/
软件包下载报告	下载数据