rnbeads

doi:10.18129/b9.bioc.rnbeads

这是发展rnbeads的版本;对于稳定版本,请参阅rnbeads

rnbeads

生物导体版本:开发(3.16)

RNBEADS促进了对基因组量表各种类型的DNA甲基化数据的全面分析。

作者:Yassen Assenov [Aut],Christoph Bock [AUT],Pavlo Lutsik [AUT],Michael Scherer [AUT],Fabian Mueller [Aut,CRE]

维护者:Fabian Mueller 的团队>

引用(从r内,输入引用(“ rnbeads”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ rnbeads”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ rnbeads”)

PDF R脚本 综合DNA甲基化分析与RNBEADS
PDF R脚本 rnbeads注释
PDF 参考手册
文本 读书我
文本 消息

细节

生物浏览 批处理效应,,,,CPGISLAND,,,,DNAMETHYLATY,,,,DataImport,,,,差甲基化,,,,表观遗传学,,,,免疫学,,,,甲基,,,,甲基化array,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,测序,,,,软件,,,,两通道
版本 2.15.1
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(7年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.0.0),生物基因,,,,S4VECTORS(> = 0.9.25),基因组机,,,,大量的,,,,,,,,ff,,,,字段,,,,GGPLOT2(> = 0.9.2),GPLOTS, 网格,栅格,,,,林玛,,,,矩阵, 方法,Illuminaio,,,,甲基菌,,,,plyr
进口 iranges
链接
建议 类别,,,,gostats,,,,GVIZ,,,,Illuminahumanmethylation450Kmanifest,,,,rpmm,,,,rnbeads.hg19,,,,rnbeads.mm9,,,,XML,,,,注释,,,,Biomart,,,,foreach,,,,多帕尔,,,,GGBIO,,,,ISVA,,,,mclust,,,,MGCV,,,,Minfi,,,,nlme,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,org.rn.eg.db,,,,Quadprog,,,,rtracklayer,,,,QVALUE,,,,SVA,,,,西瓜,,,,WordCloud,,,,QVALUE,,,,argparse,,,,Glmnet,,,,高兴的,,,,Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19,,,,,,,,甲基小姐,,,,,,,,闪亮的,,,,Shinyjs,,,,plotrix,,,,Hexbin,,,,运行,,,,甲基赛克,,,,芝麻
系统要求
增强
URL
取决于我 玛格尔
进口我
建议我 rnbeads.hg19,,,,rnbeads.hg38,,,,rnbeads.mm10,,,,rnbeads.mm9,,,,rnbeads.rn5
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 rnbeads_2.15.1.tar.gz
Windows二进制 rnbeads_2.15.1.zip
MacOS 10.13(高山脉) rnbeads_2.15.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnbeads
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rnbeads
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/rnbeads/
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