rsubread.

DOI：10.18129 / b9.bioc.rsubread.

这是开发Rsubread的版本;对于稳定的版本版本，请参阅rsubread.。

测绘数据的映射，量化和变体分析

Bioconductor版本：开发（3.13）

对准，定量和分析RNA测序数据（包括批量RNA-SEQ和SCRNA-SEQ）和DNA亮片数据（包括ATAC-SEQ，芯片-SEQ，WGS，WES等）。包括读取映射的功能，读取计数，SNP呼叫，结构变体检测和基因融合发现。可以应用于所有主要的测序技术以及短期和长序列读取。

作者：魏世，杨廖和戈登·吉尔顿·斯·斯·斯·斯明

维护者：Wei Shi ，杨廖戈登k smyth

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percenameSpace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install（版本='devel'）BiocManager :: Install（“rsubread”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“rsubread”）

PDF.	r script.	rsubread小插图
PDF.		subreadUsersguide.pdf.
PDF.		参考手册
文本		新闻

细节

Biocviews.	对准那chipseq.那基因表达那GeneFusionDetection.那GenereGulation.那遗传性那遗传学那GenomeanNotation.那免疫学那不宜那倍增那预处理那QualityControl.那rnaseq.那SNP.那序列术那测序那SingleCell.那软件那VariantAnnotation.那变型
版	2.5.2
在生物导体中以来	BIOC 2.8（R-2.13）（9.5岁）
执照	GPL（> = 3）
依靠
进口	grdevices，stats，utils，矩阵
链接到
建议
系统要求
加强
URL.	http://biocidodder.org/packages/rsubread.
取决于我	外套那仙人掌
进口我	Apalyzer.那Dupradar.那弗雷泽那RibosomeProfiling QC那颈背
建议我	冰茶那SCPIPE.那singlecelltk.那Tidybulk.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	rsubread_2.5.2.tar.gz.
Windows二进制文件	rsubread_2.5.2.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	rsubread_2.5.2.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/rsubread.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ rsubread
包短网址	https://biocumon.org/packages/rsubread/
包裹下载报告	下载统计信息