Saigegds

doi：10.18129/b9.bioc.saigegds

这是发展Saigegds的版本；对于稳定版本，请参阅Saigegds。

在现象全关联研究中使用GDS文件的广义混合模型的可扩展实施

生物导体版本：开发（3.16）

具有高度优化的C ++实现和与基因组数据结构（GDS）文件集成的广义混合模型的可扩展实现。它是为全面现象结合研究（PHEWAS）的单个变体测试而设计的，该研究（PHEWAS）具有数百万个变体和样品，可控制样品结构和病例对照不平衡。该实现基于原始SAIGE R软件包（单个变体测试的V0.29.4.4，Zhou等人，2018）。Saigegds还实现了C中的一些空间函数，以加快鞍点近似的计算。基准测试表明，Saigegds的速度比原始Saige R包的速度快5到6倍。

作者：Xiuwen Zheng [AUT，CRE]，Wei Zhou [CTB]（Saige R包的原始作者），J。WadeDavis [CTB]

维护者：xiuwen Zheng

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ saigegds”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Saigegds”）

html	R脚本	Saigegds教程
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	遗传学，，，，Genomewideassociation，，，，软件，，，，统计信息
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（3年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5.0），GDSFMT（> = 1.20.0），Seqarray（> = 1.31.8），RCPP
进口	方法，统计，utils，rcppparallel，，，，空格（> = 3.0.0）
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo，，，，rcppparallel（> = 5.0.0）
建议	平行，蜡笔，，，，运行，，，，尼特，，，，降价，，，，rmarkDown，，，，生物基因，，，，Snprelate，，，，GGMANH
系统要求	C ++ 11，GNU制作
增强
URL	https://github.com/abbvie-computationalgenomics/saigegds
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Saigegds_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	Saigegds_1.11.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	Saigegds_1.11.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/saigegds
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/西格登
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/saigegds/
软件包下载报告	下载统计