Scanvis

doi：10.18129/b9.bioc.scanvis

这是发展Scanvis的版本；对于稳定版本，请参阅Scanvis。

Scanvis-用于评分，注释和可视化剪接连接的工具

生物导体版本：开发（3.16）

Scanvis是一组依赖注释的工具，用于分析剪接连接及其读取支持，作为通过选择的对齐工具（例如，Star Aligner）预先确定的读取支持。Scanvis通过与局部拆分读取与注释的成绩单一致的上下文来评估每个结的相对读取支持（RRS）。Scanvis还通过指示是否由注释来支持该连接点来注释每个剪接连接，如果没有，则是什么类型的连接（例如，外显子跳过，替代性5'或3'事件，新外显子）。通过指示它是否诱导框架移动，未经通知的连接也被注释。Scanvis包括一个可视化功能，以生成静态生鱼片风格的图，该图描绘了使用ARC厚度和电弧高度的相对读取支持和分裂读数的数量，从而使用户轻松地发现了良好支持的连接。这些图还清楚地清楚地划定了使用指定的配色方案从注释的连接处，用户还可以突出选择的剪接连接。如果用户在床格式和/或BAM文件中提供变体，则变体和/或读取配置文件也未扰动。可视化功能的另一个功能是，用户可以提交多个疾病的样本或同类群以生成单个图 - 这是通过“合并”功能进行的，其中将合并多个样本上的连接详细信息以生成单个生鱼片，以生成单一的生鱼片图，该图当对比时（例如疾病与控制）时，很有用。

作者：phaedra agius

维护者：phaedra agius

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ scanvis”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Scanvis”）

PDF	R脚本	Scanvis
PDF		参考手册
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，研究菲尔德，，，，软件，，，，转录组学，，，，可视化，，，，工作流程
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（3年）
执照	文件执照
要看	R（> = 3.6）
进口	iranges，，，，plotrix，，，，rcurl，，，，rtracklayer
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scanvis_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	scanvis_1.11.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	scanvis_1.11.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scanvis
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/scanvis
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/scanvis/
软件包下载报告	下载统计