SCATE

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCATE

这是发展SCATE版本;稳定发布版本请参见SCATE．

单细胞ATAC-seq信号的提取和增强

Bioconductor版本:开发(3.16)

SCATE是一种用于提取和增强稀疏和离散的单单元ATAC-seq信号的软件工具。转座酶可达染色质单细胞测序(scATAC-seq)是分析单细胞全基因组调控景观的最先进技术。单细胞ATAC-seq数据稀疏且有噪声，分析这类数据具有挑战性。现有的计算方法不能准确地重建单个细胞或罕见细胞亚群中单个顺式调控元件(CREs)的活性。SCATE的开发是为了自适应地集成来自共激活的CREs、类似细胞和公共可获得的调节组数据的信息，并大幅提高估计单个CREs活性的准确性。我们证明，SCATE可以用于更好地重建异质样本的监管景观。

作者:纪志成[aut]，周伟强[aut]，侯文品[cre, aut]， Hongkai Ji [au]

维护者:侯文品

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SCATE")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SCATE”)

超文本标记语言	R脚本	1.SCATE包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，基因组，SNPData，SequencingData，SingleCellData，软件
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	平行,preprocessCore样条函数,splines2，xgboost，SCATEData，Rtsne，mclust
进口	跑龙套,统计数据,GenomicAlignments，GenomicRanges
链接
建议	rmarkdown，ggplot2，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Winnie09/SCATE/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SCATE_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	SCATE_1.7.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SCATE_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SCATE_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCATE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SCATE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SCATE/
包下载报告	下载数据