SCArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCArray

这是发展SCArray版本;稳定版请参见SCArray．

使用GDS文件进行大规模单细胞RNA-seq数据操作

Bioconductor版本:开发(3.16)

使用基因组数据结构(GDS)文件提供大规模单细胞RNA-seq数据操作。它结合了存储在GDS文件中的密集和稀疏矩阵以及Bioconductor基础架构框架(singlecel实验和DelayedArray)，以提供内存不足的数据存储和使用R编程语言进行大规模操作。

作者:郑秀文[aut, cre]

维护者:郑秀文<秀文。郑在abbvie.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SCArray")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SCArray”)

超文本标记语言		概述
超文本标记语言	R脚本	使用GDS文件进行单细胞rna seq数据操作
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，基础设施，RNASeq，SingleCell，软件
版本	1.5.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，gdsfmt(>= 1.27.4)，方法，DelayedArray(> = 0.16.0)
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges跑龙套,SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，DelayedMatrixStats
链接
建议	矩阵，嘘，uwot，RUnit，knitr，减价，rmarkdown，rhdf5，HDF5Array
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SCArray
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SCArray_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	SCArray_1.5.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SCArray_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCArray
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SCArray
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SCArray/
软件包下载报告	下载数据