Sictools

doi：10.18129/b9.bioc.sictools

这是发展Sictools的版本；对于稳定版本，请参阅Sictools。

查找两个BAM文件之间的SNV/INDEL差异

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包是在两个BAM文件之间找到具有接近关系的SNV/INDEL差异，以成对比较感兴趣的基因组区域的每个基本位置。差异是通过Fisher测试和欧几里得距离推断的，其输入是给定位置的基本计数（A，T，G，C），并且在Indel区域的两侧不少于2bp的Indels读数。

作者：小敏，吴

维护者：xiaobin xing

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ sictools”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Sictools”）

PDF	R脚本	使用Sictools
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，QualityControl，，，，SNP，，，，测序，，，，测序，，，，软件，，，，变体挖出
版本	1.27.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（6。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.0.0），方法，rsamtools（> = 1.18.1），多帕尔（> = 1.0.8），生物弦（> = 2.32.1），Stringr（> = 0.6.2），矩阵（> = 0.10.0），plyr（> = 1.8.3），基因组机（> = 1.22.4），iranges（> = 2.4.8）
进口
链接
建议	尼特，，，，运行，，，，生物基因
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sictools_1.27.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	sictools_1.27.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sictools
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/sictools
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sictools/
软件包下载报告	下载统计