simlr

doi：10.18129/b9.bioc.simlr

这是发展Simlr的版本;对于稳定版本，请参阅simlr。

通过多内核学习（SIMLR）的单细胞解释

生物导体版本：开发（3.16）

单细胞RNA-seq技术可实现单个细胞的高通量基因表达测量，并允许在细胞群体中发现异质性。细胞对细胞基因表达相似性的测量对于鉴定，可视化和分析细胞种群至关重要。但是，由于噪声，离群值和辍学水平高，单细胞数据引入了基因表达相似性的常规度量挑战。我们开发了一个新颖的相似性学习框架SIMLR（通过多内核学习的单细胞解释），该框架从数据中学习了适当的距离度量，以减少尺寸，聚类和可视化。

作者：Daniele Ramazzotti [Cre，Aut]，Bo Wang [Aut]，Luca de Sano [AUT]，Serafim Batzoglou [CTB]

维护者：luca de sano

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ simlr”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ simlr”）

PDF	R脚本	通过多内核学习（\ biocpkg {simlr}）的单细胞解释
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	聚类，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件
版本	1.23.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（5。5年）
执照	文件执照
要看	R（> = 4.1.0）
进口	平行，矩阵，统计，方法，RCPP，，，，pracma，，，，rcppannoy，，，，rspectra
链接	RCPP
建议	生物基因，，，，生物使用，，，，测试，，，，尼特，，，，Igraph
系统要求
增强
URL	https://github.com/batzogloulabsu/simlr
BugReports	https://github.com/batzogloulabsu/simlr
取决于我
进口我	Singlecellsignalr
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	simlr_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	simlr_1.23.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	simlr_1.23.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simlr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/simlr
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/simlr/
软件包下载报告	下载统计