聚光灯

doi：10.18129/b9.bioc.spotlight

这是发展Spotlight的版本；对于稳定版本，请参阅聚光灯。

“聚光灯”：空间转录组学解卷积

生物导体版本：开发（3.16）

“ Spotlight”提供了一种使用种子NMF方法以及可视化工具来评估结果的方法来反应空间转录组学点。空间分辨的基因表达谱是了解组织组织和功能的关键。然而，新型的空间转录组学（ST）分析技术缺乏单细胞分辨率，并且需要与单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）信息组合来反应空间索引的数据集。利用这两种数据类型的优势，我们开发了Spotlight，这是一种计算工具，它使ST与SCRNA-SEQ数据的集成能够推断出复杂组织中细胞类型和状态的位置。聚光灯以种子的非负基质分解（NMF）回归为中心，使用细胞类型标记基因初始化，非阴性最小二乘（NNLS）（NNLS）随后将其变形ST捕获位置（Spots）。

作者：Marc Elosua-Bayes [AUT，CRE]，Helena L. Crowell [AUT]

维护者：marc elosua-bayes

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ spotlight”（“ spotlight”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Spotlight”）

html	R脚本	聚光灯
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	Singlecell，，，，软件，，，，空间，，，，统计信息
版本	1.1.0
在生物导体中	Bioc 3.15（R-4.2）（<6个月）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	GGPLOT2，，，，NMF，，，，矩阵，，，，矩阵，，，，nnls，，，，Singlecellexperiment，统计
链接
建议	生物使用，，，，色盲，，，，实验室，，，，延迟，，，，ggcorrplot， 网格，Igraph，，，，jpeg，，，，尼特， 方法，PNG，，，，rmarkDown，，，，评分，，，，散落，，，，斯克兰，，，，Seurat，，，，seuratObject，，，，Spatiaxlexperiment，，，，总结性特征，，，，S4VECTORS，，，，Tabulamurissenisdata，，，，tenxvisiumdata，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/marcelosua/spotlight
BugReports	https://github.com/marcelosua/spotlight/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Spotlight_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	Spotlight_1.1.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Spotlight_1.1.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spotlight
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/聚光灯
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/spotlight/
软件包下载报告	下载统计