spsimseq

doi：10.18129/b9.bioc.spsimseq

这是发展SPSIMSEQ的版本;对于稳定版本，请参阅spsimseq。

用于批量和单细胞RNA测序数据的半参数模拟工具

生物导体版本：开发（3.16）

SPSIMSEQ使用特殊设计的指数族来进行密度估计来构建从给定的实际RNA测序数据（单细胞或大量）中构建基因表达水平的分布，然后随后模拟使用高斯 - populas的估计边缘分布中的新数据集以保留以保留基因之间的依赖性。它允许模拟多个组和批处理，并具有任何必需的样本量和库大小。

作者：Alemu Takele Assefa [Aut]，Olivier Thas [Ths]，Joris Meys [Cre]，Stijn Hawinkel [aut]

维护者：joris meys

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ spsimseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ spsimseq”）

html	R脚本	SPSIMSEQ软件包的手册：散装和单细胞RNA-Seq数据的半参数模拟
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	dnaseq，，，，基因表达，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-2
要看	R（> = 4.0）
进口	统计，方法，Singlecellexperiment，，，，fitdistrplus，图形，EDGER，，，，HMISC，，，，WGCNA，，，，林玛，，，，mvtnorm，，，，门索，UTILS
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，LSD，，，，测试，，，，生物使用
系统要求
增强
URL	https://github.com/centerforstatistics-ugent/spsimseq
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	SPSIMSEQ_1.7.0.TAR.GZ
Windows二进制	SPSIMSEQ_1.7.0.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spsimseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/spsimseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/spsimseq/
软件包下载报告	下载统计