Sradb

doi：10.18129/b9.bioc.sradb

这是发展Sradb的版本；对于稳定版本，请参阅Sradb。

NCBI SRA和工具的元数据汇编

生物导体版本：开发（3.16）

序列读取存档（SRA）是下一代测序平台的测序数据最大的公共存储库，包括Roche 454 GS系统，Illumina Genome Genome Analyzer，Applied Biosystems solid System，Helicos Heliscope等。但是，使用当前工具找到感兴趣的数据可能会具有挑战性。SRADB试图访问与提交，研究，样本，实验和运行更可行的元数据。这是通过将所有NCBI SRA元数据解析为可以在本地存储和查询的SQLite数据库来完成的。包装中的FullText搜索使查询元数据非常灵活且功能强大。可以下载FASTQ和SRA文件以在本地进行对齐。除了FTP协议外，SRADB还具有支持FASTP协议（来自Aspera Connect的ASCP）的Funcitons，以更快地在长距离下载大型数据文件。随着新数据添加到SRA，可以定期更新SQLITE数据库，并且可以随意下载最新的元数据。

作者：杰克·朱和肖恩·戴维斯

维护者：jack zhu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ sradb”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Sradb”）

PDF	R脚本	使用sradb查询序列读取存档
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，基础设施，，，，测序，，，，软件
版本	1.59.0
在生物导体中	Bioc 2.6（R-2.11）（12年）
执照	艺术2.0
要看	rsqlite，，，，图形，，，，rcurl
进口	地球
链接
建议	rgraphviz
系统要求
增强
URL	http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/sra/
BugReports	https://github.com/seandavi/sradb/issues/new
取决于我
进口我
建议我	甲状旁腺
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sradb_1.59.0.tar.gz
Windows二进制	sradb_1.59.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sradb_1.59.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sradb
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sradb
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sradb/
软件包下载报告	下载统计