STRINGdb

DOI:10.18129 / B9.bioc.STRINGdb

这是发展STRINGdb的版本;稳定版请参见STRINGdb。

蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

STRINGdb包提供了一个到STRING蛋白质相互作用数据库(https://string-db.org)的R接口。

作者:Andrea Franceschini < Andrea . Franceschini at isb- sibling .ch>

维护者:Damian Szklarczyk < Damian。Szklarczyk在imls.uzh.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("STRINGdb")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“STRINGdb”)

PDF	R脚本	STRINGdb装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	网络,软件
版本	2.9.4
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 2.14.0)
进口	png,sqldf,plyr,igraph,RCurl、方法、RColorBrewer,gplots,哈希,plotrix
链接
建议	RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	PPInfer
进口我	coexnet,IMMAN,netZooR,pwOmics,日坛,XINA
建议我	epiNEM,GeneNetworkBuilder,马提尼,netSmooth,PCAN
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	STRINGdb_2.9.4.tar.gz
Windows二进制	STRINGdb_2.9.4.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	STRINGdb_2.9.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/STRINGdb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/STRINGdb
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/STRINGdb/
软件包下载报告	下载数据