Seqarray

doi：10.18129/b9.bioc.seqarray

这是发展Seqarray的版本；对于稳定版本，请参阅Seqarray。

大规模全基因组序列变体的数据管理

生物导体版本：开发（3.16）

大规模全基因组测序变体的数据管理与数千个个体：基因型数据（例如SNV，Indels和结构变化调用）和Seqarray GDS文件中的注释以阵列为导向和压缩的方式存储，并具有有效的数据使用R编程语言访问。

作者：Xiuwen Zheng [AUT，CRE]，Stephanie Gogarten [AUT]，David Levine [CTB]，Cathy Laurie [CTB]

维护者：Xiuwen Zheng

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ seqarray”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Seqarray”）

html	R脚本	R集成
html	R脚本	seqarray数据格式和访问
html		seqarray概述
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	datarepresentation，，，，遗传学，，，，基础设施，，，，测序，，，，软件
版本	1.37.2
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（9。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5.0），GDSFMT（> = 1.31.1）
进口	方法，并行，iranges，，，，基因组机，，，，GenomeInfodB，，，，生物弦，，，，S4VECTORS
链接	GDSFMT
建议	生物酶，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，运行，，，，RCPP，，，，Snprelate，，，，消化，，，，蜡笔，，，，尼特，，，，降价，，，，rmarkDown，，，，rsamtools，，，，变体
系统要求
增强
URL	http://github.com/zhengxwen/seqarray
BugReports	http://github.com/zhengxwen/seqarray/issues
取决于我	Saigegds，，，，Seqvartools
进口我	gbscleanr，，，，GDSARRAY，，，，创世纪，，，，GGMANH，，，，variantexperiment
建议我	延迟Dataframe，，，，希巴格，，，，vcfarray
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	seqarray_1.37.2.tar.gz
Windows二进制	seqarray_1.37.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	seqarray_1.37.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqarray
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/seqarray
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/seqarray/
软件包下载报告	下载统计