稀疏

doi：10.18129/b9.bioc.sparsesignatures

这是发展稀数式签名的版本；对于稳定版本，请参阅稀疏。

稀疏

生物导体版本：开发（3.16）

基因组中发生的点突变可以根据突变的碱基，其突变为突变及其两个侧翼碱基，分为96个类别。因此，对于任何患者，都可以表示该患者肿瘤中发生的所有点突变为长度为96的矢量，其中每个元素代表患者给定类别的突变计数。突变特征代表了细胞内部诱变或诱变过程产生的突变模式。每个签名也可以用长度96的向量表示，其中每个元素代表该特定诱变过程产生上述96个突变的概率。在此R包装中，我们提供了一组功能来提取和可视化突变特征，以最好地解释大量患者的突变计数。

作者：Daniele Ramazzotti [Cre，Aut]，Avantika Lal [AUT]，Keli Liu [CTB]，Luca de Sano [aut]，Robert Tibshirani [CTB]，Arend Sidow [aut]

维护者：luca de sano

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ sparsesignatures”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“稀疏签名”）

PDF	R脚本	稀疏
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	生物医学信息学，，，，软件，，，，somaticmmut
版本	2.7.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	文件执照
要看	r（> = 4.1.0），NMF
进口	nnlasso，，，，nnls， 平行，Data.Table，，，，生物弦，，，，基因组机，，，，iranges，，，，BSGENOME，，，，GenomeInfodB，，，，GGPLOT2，，，，栅格，，，，RESHAPE2
链接
建议	生物基因，，，，bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5，，，，生物使用，，，，测试，，，，尼特
系统要求
增强
URL	https://github.com/danro9685/sparsesignatures
BugReports	https://github.com/danro9685/sparsesignatures
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sparsesignatures_2.7.0.tar.gz
Windows二进制	sparsesignatures_2.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sparsesignatures_2.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sparsesignatures
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：套餐/sparsesignatures
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sparsesignatures/
软件包下载报告	下载统计