spatialdecon

doi：10.18129/b9.bioc.spatialdecon

这是发展SpatialDecon的版本；对于稳定版本，请参阅spatialdecon。

从空间和/或散装基因表达数据中混合细胞的反卷积

生物导体版本：开发（3.16）

使用空间或散装基因表达数据，估计每个观察结果中混合细胞类型的丰度。基于“混合细胞反卷积的进展，可以定量空间转录组数据中的细胞类型”，Danaher（2022）。专为与纳米弦Geomx平台一起使用，但适用于任何基因表达数据。

作者：Maddy Griswold [CRE，AUT]，Patrick Danaher [AUT]

维护者：Maddy Griswold

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ SpatiaLeDecon”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ SpatialDecon”）

html	R脚本	在带有Geomxtools的大型Geomx数据集中使用SpatialDecon
html	R脚本	在小型GEOMX DATAET中使用SpatialDecon
html	R脚本	在空间转录组学数据集中使用spatialdecon
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	特征提取，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.0.0）
进口	grdevices，统计，utils，图形，seuratObject，，，，生物酶，，，，Geomxtools，，，，repmis， 方法，矩阵
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，QPDF
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/nanostring-biostats/spatialdecon/issues
取决于我
进口我
建议我	Geomxtools
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	spatialdecon_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	spatialdecon_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	spatialdecon_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialdecon
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/spatialdecon
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/spatialdecon/
软件包下载报告	下载统计