SpatialExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialExperiment

这是发展SpatialExperiment版本;稳定发布版本请参见SpatialExperiment．

空间解析转录组学数据S4班

Bioconductor版本:开发(3.16)

定义一个S4类，用于存储来自空间解析转录组学(ST)实验的数据。该类扩展了singlecellexperexperimental，以支持从基于点和基于分子的ST平台存储和检索附加信息，包括空间坐标、图像和图像元数据。一个专门的构造函数包含了来自10x Genomics Visium平台的数据。

作者:达里奥·里加里[aut, cre]，达维德·里索[aut]，海伦娜·l·克罗韦尔[aut]，卢卡斯·m·韦伯[aut]

维护者:Dario Righelli < Dario。在gmail.com righelli >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SpatialExperiment")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SpatialExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	空间实验课程简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，ImmunoOncology，基础设施，SingleCell，软件，空间，转录组
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,SingleCellExperiment
进口	rjsongrDevices,魔法跑龙套,S4Vectors，SummarizedExperiment，DropletUtils，BiocGenerics，BiocFileCache
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle，BumpyMatrix
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drighelli/SpatialExperiment
BugReports	https://github.com/drighelli/SpatialExperiment/issues
取决于我	ExperimentSubset，imcRtools，MouseGastrulationData，spatialLIBD，STexampleData，TENxVisiumData，VectraPolarisData
进口我	ggspavis，nnSVG，SingleCellMultiModal，spatialDE，SpotClean，standR
建议我	GeomxTools，关注的焦点
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SpatialExperiment_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	SpatialExperiment_1.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SpatialExperiment_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpatialExperiment
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SpatialExperiment/
包下载报告	下载数据