光谱

doi：10.18129/b9.bioc.spectraltad

这是发展Spectraltad的版本；对于稳定版本，请参阅光谱。

Spectraltad：使用光谱群集的分层TAD检测

生物导体版本：开发（3.16）

Spectraltad是一个R软件包，旨在识别HI-C接触矩阵的拓扑相关域（TAD）。它使用修改版的光谱群集，该光谱聚类使用滑动窗口快速检测TAD。该功能以各种不同格式的接触矩阵工作，并返回TAD坐标的床文件。该方法不需要用户调整任何参数以工作，并使他们控制要返回的层次结构级别的数量。

作者：凯伦·克雷斯韦尔（Kellen Cresswell），约翰·斯坦斯菲尔德（John Stansfield），mikhail dozmorov

维护者：凯伦·克雷斯韦尔（Kellen Cresswell）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ spectraltad”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Spectraltad”）

html	R脚本	光谱
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	聚类，，，，特征提取，，，，嗝，，，，测序，，，，软件
版本	1.13.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.6）
进口	dplyr，primme，簇，，，，矩阵， 平行，生物比较，，，，马格里特，，，，Hiccompare，，，，基因组机
链接
建议	生物检查，，，，生物管理器，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，微实验，，，，测试，，，，COVR
系统要求
增强
URL	https://github.com/dozmorovlab/spectraltad
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/spectraltad/issues
取决于我
进口我
建议我	Tadcompare
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	SpectralTad_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	SpectralTad_1.13.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	SpectralTad_1.13.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spectraltad
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/spectraltad
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/spectraltad/
软件包下载报告	下载统计