Structstrings

DOI:10.18129 / B9.bioc.Structstrings

这是发展Structstrings的版本;稳定版请参见Structstrings．

使用Biostrings实现点括号注释

Bioconductor版本:开发(3.16)

Structstrings包实现了广泛使用的点括号注释，用于存储结构化RNA中的碱基配对信息。Structstrings使用Biostrings包提供的基础结构，并从BString类中派生DotBracketString和相关类。从这些基础对表可以产生深入分析。此外，还可以检索碱基对的循环索引。为了提高效率，信息转换是用C语言实现的，这在很大程度上受到了维也纳nana包的启发。

作者:Felix G.M. Ernst [aut, cre]

维护者:Felix G.M. Ernst < Felix .gm。恩斯特在outlook.com>上写道

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Structstrings")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Structstrings”)

超文本标记语言	R脚本	Structstrings
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，DataImport，DataRepresentation，基础设施，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)，S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),Biostrings(> = 2.57.2)
进口	方法,BiocGenerics，XVector，stringr，stringi，蜡笔, grDevices
链接	IRanges，S4Vectors
建议	testthat，knitr，rmarkdown，tRNAscanImport，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/FelixErnst/Structstrings
BugReports	https://github.com/FelixErnst/Structstrings/issues
全靠我	tRNA，tRNAdbImport
进口我	tRNAscanImport
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Structstrings_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	Structstrings_1.13.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Structstrings_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Structstrings
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Structstrings
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Structstrings/
软件包下载报告	下载数据