Tadcompare

doi：10.18129/b9.bioc.tadcompare

这是发展tadcompare的版本；对于稳定版本，请参阅Tadcompare。

TADCOMPARE：差异TAD的识别和表征

生物导体版本：开发（3.16）

TadCompare是一个R软件包，旨在识别和表征多个HI-C接触矩阵之间的差异拓扑相关域（TAD）。它包含用于在两个数据集之间找到差异的功能，随着时间的流逝找到差异TAD，并识别多个矩阵的共识TAD。它采用HIC输入的所有主要类型，并返回简单，全面，易于分析结果。

作者：凯伦·克雷斯韦尔（Kellen Cresswell），mikhail dozmorov

维护者：凯伦·克雷斯韦尔（Kellen Cresswell）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ tadcompare”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Tadcompare”）

html	R脚本	基因本体学富集分析
html	R脚本	输入数据格式
html	R脚本	两种条件之间的比较
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	聚类，，，，特征提取，，，，嗝，，，，测序，，，，软件
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	dplyr，primme，簇，，，，矩阵，，，，马格里特，，，，Hiccompare，，，，GGPLOT2，，，，花花公子，，，，ggpubr，，，，rcolorbrewer，，，，RESHAPE2，，，，牛仔图
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，微实验，，，，测试，，，，COVR，，，，pheatmap，，，，rgreat，，，，光谱
系统要求
增强
URL	https://github.com/dozmorovlab/tadcompare
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/tadcompare/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tadcompare_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	tadcompare_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	tadcompare_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tadcompare
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tadcompare
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/tadcompare/
软件包下载报告	下载统计