TAPseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.TAPseq

这是发展TAPseq版本;稳定发布版本请参见TAPseq．

针对TAP-seq的scRNA-seq引物设计

Bioconductor版本:开发(3.16)

设计TAP-seq使用的靶向单细胞RNA-seq引物。使用Primer3为目标基因面板创建序列模板，并设计基因特异性引物。使用BLAST可以估计潜在的脱靶。需要安装Primer3和BLASTn。

作者:Andreas R. Gschwind， Lars Velten [au]， Lars M. Steinmetz [au]

维护者:Andreas R. Gschwind < Andreas。在stanford.edu gschwind >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("TAPseq")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“TAPseq”)

超文本标记语言	R脚本	选择TAP-seq的靶基因
超文本标记语言	R脚本	TAP-seq底漆设计工作流程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR，PooledScreens，测序，SingleCell，软件，技术
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	方法,GenomicAlignments，GenomicRanges，IRanges，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.20.1),GenomeInfoDb，BSgenome，GenomicFeatures，Biostrings，dplyr，tidyr，BiocParallel
链接
建议	testthat，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，knitr，rmarkdown，ggplot2，修拉，glmnet，cowplot，矩阵，rtracklayer，BiocStyle
SystemRequirements	Primer3 (>= 2.5.0)， BLAST+ (>=2.6.0)
增强了
URL	https://github.com/argschwind/TAPseq
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	TAPseq_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	TAPseq_1.9.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TAPseq_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TAPseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TAPseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TAPseq/
包下载报告	下载数据