tbsignatureprofiler

doi：10.18129/b9.bioc.tbsignatureprofiler

这是发展tbsignatureprofiler的版本；对于稳定版本，请参阅tbsignatureprofiler。

使用TB途径签名配置RNA-seq数据

生物导体版本：开发（3.16）

以前已经对结核病进展，结核病疾病和其他结核病状态的基因特征进行了验证和发表。该软件包聚集了已知的签名，并提供了计算工具以在其他数据集上使用其使用情况。tbsignature-Profiler可以轻松使用这些签名来介绍RNA-Seq数据，并包括常见的签名分析工具，包括分配，GSVA和SSGSEA。还提供某些基因特征的原始模型。一个闪亮的应用程序提供了一些功能以及详细的命令行可访问性。

作者：Aubrey Odom-Mabey [AUT，CRE，DTM]，大卫·詹金斯[AUT，ORG]，Xutao Wang [aut]，Yue Zhao [CTB]，基督教爱[CTB]，W。EvanJohnson [aut]

维护者：aubrey odom-mabey

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ tbsignatureprofiler”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ tbsignatureprofiler”）

html	R脚本	TbsignatureProfiler的简介
PDF		参考手册
文本		执照

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，软件
版本	1.9.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.1）
进口	分配（> = 1.23.1），生物基因，，，，生物比较，，，，复杂的图像，，，，deseq2，，，，DT，，，，EDGER，，，，gdata，，，，GGPLOT2，，，，GSVA，，，，马格里特， 方法，rcolorbrewer，，，，RESHAPE2，，，，rlang，，，，rocit，，，，S4VECTORS，，，，唱歌，统计总结性特征
链接
建议	生物使用，，，，商在，，，，循环，，，，班级，，，，COVR，，，，dplyr，，，，E1071，，，，Glmnet，，，，Hgnchelper，，，，算，，，，尼特，，，，林特，，，，大量的，，，，plyr，，，，Proc，，，，Randomforest，，，，rmarkDown，，，，闪亮的，，，，拼写，，，，SVA，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/compbiomed/tbsignatureprofilerhttps://compbiomed.github.io/tbsignatureprofiler-docs/
BugReports	https://github.com/compbiomed/tbsignatureprofiler/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tbsignatureprofiler_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	tbsignatureprofiler_1.9.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	tbsignatureprofiler_1.9.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tbsignatureprofiler
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tbsignatureprofiler
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/tbsignatureprofiler/
软件包下载报告	下载统计