TFBSTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFBSTools

这是发展TFBSTools版本;稳定发布版本请参见TFBSTools．

转录因子结合位点(TFBS)分析软件包

Bioconductor版本:开发(3.16)

TFBSTools是一个用于分析和操作转录因子结合位点的包。它包括位置频率矩阵(PFM)、位置权重矩阵(PWM)和信息含量矩阵(ICM)之间的矩阵转换。它还可以从序列/比对中扫描假定的TFBS，查询JASPAR数据库，并提供了一个从头motif发现软件的包装器。

作者:葛坦[aut, cre]

维护人员:葛坦

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("TFBSTools")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“TFBSTools”)

超文本标记语言	R脚本	转录因子结合位点(TFBS)分析与“TFBSTools”包
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文本		新闻

细节

biocViews	对齐，GeneRegulation，MotifAnnotation，MotifDiscovery，软件，转录
版本	1.35.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2.2)
进口	Biobase(> = 2.28),Biostrings(> = 2.36.4),BiocGenerics(> = 0.14.0),BiocParallel(> = 1.2.21),BSgenome(> = 1.36.3),caTools(> = 1.17.1),cn(> = 1.4.0),DirichletMultinomial(> = 1.10.0),GenomeInfoDb(> = 1.6.1),GenomicRanges(> = 1.20.6),gtools(> = 3.5.0)、网格IRanges(> = 2.2.7)、方法DBI(> = 0.6),RSQLite(> = 1.0.0),rtracklayer(> = 1.28.10),seqLogo(> = 1.34.0),S4Vectors(> = 0.9.25),TFMPvalue(> = 0.0.5),XML(> = 3.98 - -1.3),XVector(> = 0.8.0),并行
链接
建议	BiocStyle(> = 1.7.7),JASPAR2014(> = 1.4.0),knitr(> = 1.11),testthat，JASPAR2016(> = 1.0.0),JASPAR2018(> = 1.0.0),rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ge11232002/TFBSTools
BugReports	https://github.com/ge11232002/TFBSTools/issues
取决于我
进口我	chromVAR，enrichTF，esATAC，MatrixRider，蒙娜丽莎，motifmatchr，motifStack，primirTSS，spatzie
建议我	CAGEWorkflow，enhancerHomologSearch，JASPAR2018，JASPAR2020，JASPAR2022，MAGAR，MethReg，网页排名，universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	TFBSTools_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	TFBSTools_1.35.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TFBSTools_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFBSTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TFBSTools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TFBSTools/
包下载报告	下载数据