TSCAN

doi：10.18129/b9.bioc.tscan

这是发展TSCAN的版本；对于稳定版本，请参阅TSCAN。

单细胞分析工具

生物导体版本：开发（3.16）

提供了基于簇质心构建的最小跨越树执行轨迹分析的方法。通过将每个群集（或新单元格）中的细胞映射到树中最接近的边缘来计算伪颞序有序。使用线性建模来识别沿树的每个路径差异表达的基因。还实施了几个绘图和交互式可视化功能。

作者：Zhicheng ji [Aut，Cre]，Hongkai JI [AUT]，Aaron Lun [CTB]

维护者：zhicheng ji

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ tscan”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ TSCAN”）

PDF	R脚本	TSCAN：单细胞分析的工具
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	GUI，，，，基因表达，，，，软件，，，，可视化
版本	1.35.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（7。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	Singlecellexperiment，，，，轨迹
进口	GGPLOT2，，，，闪亮的，，，，plyr， 网格，Fastica，，，，Igraph，，，，组合，，，，MGCV，，，，mclust，，，，GPLOTS，方法，统计，矩阵，，，，总结性特征，，，，延迟，，，，S4VECTORS
链接
建议	尼特，，，，测试，，，，砍伐，，，，斯克兰，，，，Metapod，，，，生物比较，，，，生物脑，，，，Batchelor
系统要求
增强
URL
取决于我	奥斯卡
进口我	ctggem，，，，盛宴，，，，Singlecelltk
建议我	调味品
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tscan_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	tscan_1.35.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	tscan_1.35.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tscan
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tscan
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/tscan/
软件包下载报告	下载统计