Titancna

doi：10.18129/b9.bioc.titancna

这是发展Titancna的版本；对于稳定版本，请参阅Titancna。

从肿瘤的整个基因组测序中的亚克隆拷贝数和LOH预测

生物导体版本：开发（3.16）

隐藏的马尔可夫模型以细分和预测亚克隆拷贝数改变（CNA）的区域和杂合性丧失（LOH），并估计肿瘤整个基因组测序数据中克隆簇的细胞患病率。

作者：加文

维护者：fredhutch.org的Gavin ha

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ titancna”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ titancna”）

PDF	R脚本	titancna.pdf
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	库务，，，，dnaseq，，，，Exomeseq，，，，遗传学，，，，基因组变量，，，，HiddenMarkovModel，，，，免疫学，，，，测序，，，，软件，，，，统计信息，，，，全媒体
版本	1.35.0
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（8年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.5.1）
进口	生物基因（> = 0.31.6），iranges（> = 2.6.1），基因组机（> = 1.24.3），变体（> = 1.18.7），foreach（> = 1.4.3），GenomeInfodB（> = 1.8.7），Data.Table（> = 1.10.4），dplyr（> = 0.5.0）
链接
建议
系统要求
增强
URL	https://github.com/gavinha/titancna
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	titancna_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	titancna_1.35.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	titancna_1.35.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/titancna
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/titancna
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/titancna/
软件包下载报告	下载统计