VAEXPRS

doi：10.18129/b9.bioc.vaexprs

这是发展Vaexprs的版本；对于稳定版本，请参阅VAEXPRS。

用变异自动编码器生成基因表达数据样品

生物导体版本：开发（3.16）

生物医学研究中的一个基本问题是观察数量少，这主要是由于缺乏可用的生物样本，过于良好的成本或道德原因。通过通过人为产生的样本增强一些实际观察结果，它们的分析可能会导致更强大和更高的可重复性。解决问题的一种可能解决方案是使用生成模型，这些模型是试图从观测值捕获整个概率分布的数据的统计模型。使用众所周知的深层生成模型变异自动编码器（VAE），该软件包的目的是生成具有基因表达数据的样品，尤其是对于单细胞RNA RNA-SEQ数据。此外，VAE可以使用条件来产生特定的细胞类型或亚群。有条件的VAE（CVAE）使我们能够创建目标样本而不是完全随机的样本。

作者：Dongmin Jung [Cre，Aut]

维护者：dongmin jung

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ vaexprs”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ vaexprs”）

html	R脚本	VAEXPRS
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	基因表达，，，，Singlecell，，，，软件
版本	1.3.2
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（0.5岁）
执照	艺术2.0
要看	凯拉斯，，，，mclust
进口	Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，TensorFlow，，，，评分，，，，catencoders，，，，Deeppincs，，，，purrr，，，，雕刻，统计
链接
建议	SC3，，，，尼特，，，，测试，，，，网状，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	vaexprs_1.3.2.tar.gz
Windows二进制	vaexprs_1.3.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	vaexprs_1.3.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vaexprs
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/vaexprs
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/vaexprs/
软件包下载报告	下载统计