variantexperiment

doi：10.18129/b9.bioc.variantexperiment

这是发展Variantexperiment的版本；对于稳定版本，请参阅variantexperiment。

带有GDS Backend的VCF/GDS数据的RangedSummarizedExperiment容器

生物导体版本：开发（3.16）

Variantexperiment是一种生物处理程序包，用于以VCF/GDS格式保存数据到RangedSummarizedExperiment对象中。高通量遗传/基因组数据保存在GDARRAY对象中。每列中使用单维GDARRAY保存特征/样本的注释数据以延迟DataFrame格式保存。测定数据和注释数据的盘盘表示可以实现磁盘读取和处理，并显着节省了内存空间。范围内的效果数据格式的界面可以轻松且常见的操作，用于在R和BioConductor中使用常见的总结性示威者隐喻的高通量遗传/基因组数据。

作者：刘Qian [AUT，CRE]，HervéPagès[AUT]，Martin Morgan [AUT]

维护者：Qian liu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ variantexperiment”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ variantexperiment”）

html	R脚本	Variantexperiment类
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，datarepresentation，，，，基因数，，，，Genotypingarray，，，，基础设施，，，，测序，，，，软件
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.6.0），S4VECTORS（> = 0.21.24），总结性特征（> = 1.13.0），基因组机
进口	GDSARRAY（> = 1.11.1），延迟Dataframe（> = 1.6.0），工具，UTILS，统计，方法，GDSFMT，，，，Snprelate，，，，Seqarray，，，，Seqvartools，，，，延迟，，，，生物弦，，，，iranges
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，降价
系统要求
增强
URL	https://github.com/bioconductor/variantexperiment
BugReports	https://github.com/bioconductor/variantexperiment/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	variantexperiment_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	variantexperiment_1.11.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	variantexperiment_1.11.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variantexperiment
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/variantexperiment
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/variantexperiment/
软件包下载报告	下载统计