变体工具

doi:10.18129/b9.bioc.varianttools

这是发展VariantTools的版本;对于稳定版本,请参阅变体工具

用于探索性呼叫的探索性分析工具

生物导体版本:开发(3.16)

使用过滤器探索,诊断和比较变体调用。

作者:迈克尔·劳伦斯(Michael Lawrence)

维护者:迈克尔·劳伦斯(Michael Lawrence)

引用(从r内,输入引用(“ varianttools”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version ='devel')biocmanager :: install(“ varianttools”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ varianttools”)

PDF R脚本 Varianttools简介
PDF tutorial.pdf
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 遗传因素,,,,遗传学,,,,测序,,,,软件
版本 1.39.0
在生物导体中 Bioc 2.11(R-2.15)(9。5年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.5.0),S4VECTORS(> = 0.17.33),iranges(> = 2.13.12),基因组机(> = 1.31.8),变体(> = 1.11.16),方法
进口 rsamtools(> = 1.31.2),生物基因,,,,生物弦, 平行,GenomicFeatures(> = 1.31.3),矩阵,,,,rtracklayer(> = 1.39.7),生物比较,,,,GenomeInfodB,,,,BSGENOME,,,,生物酶
链接
建议 运行,,,,肺部(> = 0.0.6),rbgl,,,,图形,,,,GMAPR(> = 1.21.3)
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我 htseqgenie,,,,mmappr2
建议我 VariantToolsData
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 varianttools_1.39.0.tar.gz
Windows二进制 varianttools_1.39.0.zip
MacOS 10.13(高山脉)
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/varianttools
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/varianttools
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/varianttools/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • Bioc-devel邮件列表 - 包装开发人员2021欧洲杯体育投注开户