XNAString

DOI:10.18129 / B9.bioc.XNAString

这是发展XNAString版本;稳定发布版本请参见XNAString．

修饰寡核苷酸序列的有效操作

Bioconductor版本:开发(3.16)

XNAString包允许在单个对象中描述碱基序列和相关的化学修饰。XNAString可以捕获单链分子，也可以捕获双链分子。化学修饰被表示为与分子的不同特征(碱基序列、糖基序列、主链序列、修饰)相关的独立字符串，可以被读写到HELM符号中。它还可以使用维也纳的RNAfold进行二级结构预测。XNAString被设计为基于核酸的治疗方法的有效表示，因此它存储目标序列的信息，并提供来自Biostrings包的匹配和对齐功能的接口。

作者:Anna Górska [aut]， Marianna Plucinska [aut, cre]， Lykke Pedersen [aut]， Lukasz Kielpinski [aut]， Disa Tehler [aut]， Peter H. Hagedorn [aut]

维护者:Marianna Plucinska < Marianna。在roche.com plucinska >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("XNAString")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“XNAString”)

超文本标记语言	R脚本	XNAString类和函数
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，遗传学，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1)
进口	跑龙套,Biostrings，BSgenome，data.table，GenomicRanges，IRanges、方法、Rcpp，stringi，S4Vectors，future.apply，stringr，formattable,统计数据
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，减价，testthat，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，老鸨
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	XNAString_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	XNAString_1.5.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	XNAString_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/XNAString
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ XNAString
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/XNAString/
包下载报告	下载数据