yapsa

doi：10.18129/b9.bioc.yapsa

这是发展Yapsa的版本；对于稳定版本，请参阅yapsa。

还有另一个用于签名分析的软件包

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包提供了对突变特征进行监督分析的功能和例程（即，必须知道签名，参见L. Alexandrov等，Nature 2013和L. Alexandrov等，Bioaxiv，2018年）。特别是，函数家族LCD（LCD =线性组合分解）可以使用最佳特定特异性截止，从而照顾不同特征的不同可检测性。此外，该软件包提供了不同的突变特征，包括宇宙和PCAWG SNV签名以及PCAWG Indel签名；后者推断出Yapsa，对突变签名的监督分析的概念扩展到Indel签名。YAPSA还提供了根据轮廓可能性计算的置信区间，并且可以对分层突变目录（SMC =分层突变目录）进行签名分析，以分析不同地层中特征的富集和耗尽模式。

作者：Daniel Huebschmann [AUT，CRE]，Lea Jopp-Saile [aut]，Carolin Andresen [aut]，Zuguang Gu [aut]，Matthias Schlesner [aut]

维护者：Daniel Huebschmann

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ yapsa”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Yapsa”）

html	R脚本	1.使用YAPSA
html	R脚本	2.特定于签名的截止
html	R脚本	3.置信区间
html	R脚本	4.分层突变特征分析
html	R脚本	5. Indel签名分析
html	R脚本	6.使用YAPSA的WES数据
html		index.html
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	生物问题，，，，聚类，，，，dnaseq，，，，基因组变量，，，，测序，，，，软件，，，，somaticmmut，，，，统计信息，，，，可视化
版本	1.23.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（5。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.6.0），基因组机，，，，GGPLOT2， 网格
进口	limsolve，，，，躯体签名，，，，变体，，，，GenomeInfodB，，，，RESHAPE2，，，，栅格，，，，Corrplot，，，，Dendextend，，，，getoptlong，，，，循环，，，，Gtrellis，，，，多帕尔，，，，PMCMRPLUS，，，，ggbeeswarm，，，，复杂的图像，，，，keggrest，grdevices，生物弦，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，马格里特，，，，pracma，，，，dplyr，UTILS
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	yapsa_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	yapsa_1.23.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	yapsa_1.23.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/yapsa
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/yapsa
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/yapsa/
软件包下载报告	下载统计