Annmap

doi：10.18129/b9.bioc.annmap

这是发展Annmap的版本；对于稳定版本，请参阅Annmap。

基因组注释和可视化软件包与Affymetrix阵列和NGS分析有关。

生物导体版本：开发（3.16）

ANNMAP提供了Affymetrix外显子阵列和基于坐标的查询的注释映射，以支持深层测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面，该功能提供了一组函数，例如GenesInrange（），Genetoexon（），Exondetails（）等。还提供了用于绘制基因体系结构和BAM文件数据的功能。基础数据来自Ensembl。可以从：https：//figshare.manchest.ac.uk/account/articles/16685071下载ANNMAP数据库

作者：蒂姆·耶茨（Tim Yates）

维护者：克里斯·沃思（Chris Wirth）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ annmap”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ AnnMap”）

PDF		ANNMAP安装指令
PDF		Annmap底漆
PDF		Annmap食谱
PDF		参考手册
文本		读书我
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，微阵列，，，，Onechannel，，，，报告写作，，，，软件，，，，转录，，，，可视化
版本	1.39.0
在生物导体中	Bioc 2.11（R-2.15）（9。5年）
执照	GPL-2
要看	R（> = 2.15.0），方法，基因组机
进口	DBI，，，，rmysql（> = 0.6-0），消化，，，，生物酶， 网格，格子，，，，rsamtools，，，，GeneFilter，，，，iranges，，，，生物基因
链接
建议	运行，，，，rjson，，，，GVIZ
系统要求
增强
URL	https://github.com/cruk-mi/annmap
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	annmap_1.39.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	annmap_1.39.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annmap
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/annmap
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/annmap/
软件包下载报告	下载统计