basecallqc

doi：10.18129/b9.bioc.basecallqc

这是发展BaseCallQC的版本;对于稳定版本，请参阅basecallqc。

使用Illumina BaseCalling和Exultiplexing输入和输出文件

生物导体版本：开发（3.16）

BaseCALLQC软件包提供了使用Illumina Bcl2Fastq（版本> = 2.1.7）软件的工具。使用BCL2FASTQ软件进行基本和反复插图，BaseCallQC函数允许用户更新版本的Illumina样品<= 1.8.9 to> = = => = = => = = = => = = 1.8.92.1.7标准，干净的常见问题样本表，例如无效的示例名称和ID，创建读取和索引Basemasks以及BCL2FASTQ命令。在生成了基本和反复编写数据之后，BaseCallQC软件包允许用户生成HTML表，图和来自Illumina XML输出文件的摘要指标的自我包含的报告。

作者：托马斯·卡罗尔（Thomas Carroll）和玛丽安·多尔（Marian Dore）

维护者：thomas carroll

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ basecallq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ basecallqc”）

html	R脚本	小插图标题
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，基础设施，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件
版本	1.21.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	r（> = 3.4），统计，utils，方法，rmarkDown，，，，尼特，，，，Prettydoc，，，，Yaml
进口	GGPLOT2，，，，Stringr，，，，XML，，，，栅格，，，，dplyr，，，，Data.Table，，，，花花公子，，，，马格里特，，，，DT，，，，懒惰，，，，Shortread
链接
建议	测试，，，，生物使用
系统要求	BCL2FASTQ（版本> = 2.1.7）
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	BASECALLQC_1.21.0.TAR.GZ
Windows二进制	BASECALLQC_1.21.0.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）	basecallqc_1.21.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/basecallqc
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/basecallqc
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/basecallqc/
软件包下载报告	下载统计