板凳

doi：10.18129/b9.bioc.benchdamic

这是发展Benchdamic的版本；对于稳定版本，请参阅板凳。

微生物组数据的差分丰度方法的基准

生物导体版本：开发（3.16）

从微生物组数据集（具有绝对计数值的16S或WMS）开始，可以执行多个分析以评估许多差异丰度检测方法的性能。提供了主要的差分丰度分析方法的基本和标准化版本，但用户还可以将其方法添加到基准中。分析侧重于四个主要方面：i）每种方法对观察到的计数数据的分布假设的拟合良好，ii）控制错误发现率的能力，iii）内部和之间的一致性之间，iv）发现是否给出任何APRIORI知识。有几个图形功能可用于可视化。

作者：Matteo Calgaro [AUT，CRE]，Chiara Romualdi [aut]，Davide Risso [aut]，Nicola Vitulo [aut]

维护者：Matteo Calgaro

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ benchendamic”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“板凳”）

html	R脚本	介绍
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，宏基因组学，，，，微生物组，，，，多重组合，，，，正常化，，，，预处理，，，，软件
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（1年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.1.0）
进口	Stats，Stats4，Utils，Methods，门索，，，，生物比较，，，，Zinbwave，，，，EDGER，，，，deseq2，，，，林玛，，，，ALDEX2，，，，玉米芯，，，，总结性特征，，，，桅杆，，，，Seurat，，，，元基因组，，，，mglm，，，，GGPLOT2，，，，rcolorbrewer，，，，plyr，，，，FFPE，，，，RESHAPE2，，，，ggdendro，图形，牛仔图
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，HMP16SDATA，，，，策划的元素元素，，，，生物使用，，，，测试
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/mcalgaro93/benchdamic/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	benchdamic_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	benchdamic_1.3.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/benchdamic
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/benchdamic
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/benchdamic/
软件包下载报告	下载统计