这是发展Biovizbase的版本;对于稳定的版本版本,请参阅Biovizbase.。
Bioconducts版本:开发(3.14)
Biovizbase封装旨在为基因组数据提供一组实用程序,颜色方案和约定。它是用于生物数据可视化的各种高级包的基础。这节省了开发工作并鼓励一致性。
作者:Tengfei Yin [Aut],Michael Lawrence [Aut,Ths,Cre],Dianne Cook [Aut,Ths],Johannes Rainer [CTB]
维护者:Michael Lawrence
引文(从R内,输入引文(“Biovizbase”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
if(!carcenamespace(“biocmanager”,squilly = true))install.packages(“biocmanager”)#以下初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install的使用(版本='devel')biocmanager ::安装(“biovizbase”)
对于旧版本,请参阅相应的生物导体释放。
要查看系统中安装此包版本的文档,请启动r并输入:
Browsevignettes(“Biovizbase”)
PDF. | r script. | Biovizbase介绍 |
PDF. | 参考手册 | |
文本 | 消息 |
Biocviews. | 基础设施那预处理那软件那可视化 |
版本 | 1.41.0 |
在生物导体中以来 | BIOC 2.9(R-2.14)(9.5岁) |
执照 | 艺术-2.0 |
依靠 | R(> = 3.5.0),方法 |
进口 | Grdevices,统计数据,秤那HMISC.那rcolorbrewer.那DichroMat.那生物根系那S4Vectors.(> = 0.23.19),绞喉(> = 1.99.28),Genomeinfodb.(> = 1.5.14),Genomicranges.(> = 1.23.21),概括分析那生物仪器(> = 2.33.11),RSAMTOOLS.(> = 1.17.28),基因管理(> = 1.1.16),基因组法(> = 1.21.19),annotationdbi.那VariantAnnotation.(> = 1.11.4),Ensembldb.(> = 1.99.13),annotationfilter(> = 0.99.8),rlang. |
链接到 | |
建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene,bsgenome.那rtracklayer.,ensdb.hsapiens.v75,运行 |
系统要求 | |
加强 | |
URL. | |
取决于我 | 咖啡店那QRQC |
进口我 | Bubbletree.那chipexoqual.那GGBIO.那GVIZ.那Karyploter.那PVIZ.那QRQC那rqc. |
建议我 | Cindex.那derfinderplot那NanostringNctools.那R3CPET.那RegionReport.那StrafturalVariantAnnotation. |
链接给我 | |
建立报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。
源包 | biovizbase_1.41.0.tar.gz. |
Windows二进制文件 | |
Macos 10.13(高塞拉) | biovizbase_1.41.0.tgz. |
源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/biovizbase. |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.biocondion.org:包/ biovizbase |
包短网址 | https://biocumon.org/packages/biovizbase/ |
包裹下载报告 | 下载统计信息 |