bnem

DOI:10.18129 / B9.bioc.bnem

这是发展bnem版本;稳定版请参见bnem．

从微扰实验的间接测量中训练逻辑模型

Bioconductor版本:开发(3.16)

bnem结合使用间接测量嵌套效应模型(包mnem)与布尔网络的CellNOptR。细胞信号节点的扰动实验分析了它们对全球基因表达谱的影响。这些配置文件为网络中下游节点的布尔调节提供了证据，例如，两个父节点是独立激活子节点(or -gate)还是联合激活子节点(AND-gate)。

作者:Martin Pirkl [aut, cre]

维护者:Martin Pirkl

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("bnem")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“bnem”)

超文本标记语言	R脚本	bnem.html
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneRegulation，网络，NetworkInference，通路，预处理，软件，SystemsBiology
版本	1.5.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	CellNOptR，matrixStats，降雪，Rgraphviz，集群，flexclust统计数据,RColorBrewer，epiNEM，mnem，Biobase，方法，utils，图形，图，affy，binom，limma，股东价值分析，vsn，rmarkdown
链接
建议	knitr，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MartinFXP/bnem/
BugReports	https://github.com/MartinFXP/bnem/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	bnem_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	bnem_1.5.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	bnem_1.5.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bnem
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bnem
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/bnem/
软件包下载报告	下载数据