cfDNAPro

DOI:10.18129 / B9.bioc.cfDNAPro

这是发展cfDNAPro版本;稳定发布版本请参见cfDNAPro．

cfDNAPro从细胞游离DNA的全基因组测序数据中提取并可视化生物学特征

Bioconductor版本:开发(3.16)

cfDNA片段具有构建肿瘤样本分类ML模型的重要特征，如片段大小、片段端基序等。以策划的、标准化的、可扩展的、记录良好的和可重复的方式分析和可视化片段大小指标以及其他生物特征可能需要大量的时间。这个方案旨在解决这些问题并简化程序。它提供了两组cfDNA特征描述和可视化功能。

作者:王海超[aut, cre]，赵辉[ctb]， Elkie Chan [ctb]， Christopher Smith [ctb]， Tomer Kaplan [ctb]， Florian Markowetz [ctb]， Nitzan Rosenfeld [ctb]

维护人员:王海超

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cfDNAPro")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“cfDNAPro”)

超文本标记语言	R脚本	cfDNAPro教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	测序，软件，可视化，WholeGenome
版本	1.3.6
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0),magrittr(> = 1.5.0)
进口	宠物猫，GenomicAlignments，IRanges，plyranges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，BiocGenerics,统计,跑龙套,dplyr(> = 0.8.3),stringr(> = 1.4.0),quantmod(> = 0.4),ggplot2(> = 3.2.1),Rsamtools(> =测试盒框),rlang(> = 0.4.0)
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，尺度，ggpubr，knitr(> = 1.23),rmarkdown(> = 1.14),devtools(> = tripwire),BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hw538/cfDNAPro
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	cfDNAPro_1.3.6.tar.gz
Windows二进制	cfDNAPro_1.3.6.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	cfDNAPro_1.3.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cfDNAPro
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cfDNAPro
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/cfDNAPro/
包下载报告	下载数据