circRNAprofiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.circRNAprofiler

这是发展circRNAprofiler版本;稳定版请参见circRNAprofiler．

circRNAprofiler:一种基于r的循环rna下游分析计算框架

Bioconductor版本:开发(3.16)

基于r的计算框架，用于全面的环状rna硅分析。该计算框架允许组合和分析以前由多个公开可用的基于注释的circRNA检测工具检测到的circRNA。它涵盖了circRNAs分析的不同方面，从差异表达分析，进化保护，生物成因到功能分析。

作者:Simona Aufiero

维护者:Simona Aufiero

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("circRNAprofiler")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“circRNAprofiler”)

超文本标记语言	R脚本	circRNAprofiler
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DifferentialExpression，FunctionalPrediction，GenePrediction，GenomeAssembly，软件，StructuralPrediction
版本	1.11.1
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	dplyr，magrittr，readr，rtracklayer，stringr，stringi，DESeq2，刨边机，GenomicRanges，IRanges，seqinr，R.utils，reshape2，ggplot2跑龙套,rlang，S4Vectors统计数据,GenomeInfoDb，universalmotif，AnnotationHub，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，Biostrings，gwascat，BSgenome
链接
建议	testthat，knitr，roxygen2，rmarkdown，devtools，gridExtra，ggpubr，维恩图，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Aufiero/circRNAprofiler
BugReports	https://github.com/Aufiero/circRNAprofiler/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	circRNAprofiler_1.11.1.tar.gz
Windows二进制	circRNAprofiler_1.11.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	circRNAprofiler_1.11.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/circRNAprofiler
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/circRNAprofiler
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/circRNAprofiler/
软件包下载报告	下载数据