CN. -ops

doi：10.18129/b9.bioc.cn.mops

这是发展CN. -MOPS的版本;对于稳定版本，请参阅CN. -ops。

CN. -MOPS- NGS数据中用于CNV检测的泊松的混合物

生物导体版本：开发（3.16）

CN. -MOPS（通过Poisson的混合使用拷贝数估计）是下一代测序（NGS）数据的拷贝数变化和畸变（CNV和CNA）的数据处理管道。该软件包提供的功能将BAM文件转换为读取计数矩阵或基因组范围对象，这些对象是CN.MOPS的输入对象。CN.MOPS模拟每个基因组位置的样品覆盖范围的深度。因此，它不会遭受沿染色体的读数偏见。使用贝叶斯方法，CN. -MOPS分别通过其混合组件和泊松分布分解了样品的读取变化为整数拷贝数和噪声。CN. -MOPS保证FDR较低，因为错误的检测是由高噪声指示并过滤出来的。CN. -MOPS非常快，并以C ++书写。

作者：Guenter Klambauer [aut]，Gundula Povysil [CRE]

维护者：bioinf.jku.at> gundula povysil

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ cn.mops）”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ CN. -MOPS”）

PDF	R脚本	CN. -MOPS：R包的手册
PDF		参考手册

细节

生物浏览	细胞生物学，，，，库务，，，，遗传学，，，，hapmap，，，，homo_sapiens，，，，测序，，，，软件
版本	1.43.0
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（10。5年）
执照	LGPL（> = 2.0）
要看	r（> = 3.5.0），方法，utils，stat，图形，并行，基因组机
进口	生物基因，，，，生物酶，，，，iranges，，，，rsamtools，，，，GenomeInfodB，，，，S4VECTORS，，，，外观复制
链接
建议	DNACOPIGY
系统要求
增强
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/cnmops/cnmops.html
取决于我	panelcn.mops
进口我	库务
建议我	cnvgears
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cn.mops_1.43.0.tar.gz
Windows二进制	cn.mops_1.43.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	cn.mops_1.43.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cn.mops
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cn.mops
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cn.mops/
软件包下载报告	下载统计