coMethDMR

DOI:10.18129 / B9.bioc.coMethDMR

这是发展coMethDMR版本;稳定版请参见coMethDMR．

全表观基因组关联研究中共甲基化和差异甲基化区域的准确鉴定

Bioconductor版本:开发(3.17)

coMethDMR通过优化利用预定义基因组区域内CpGs之间的协变来识别与连续表型相关的基因组区域。coMethDMR不是在基因组区域内测试所有cpg，而是在不使用任何结果信息的情况下先选择共甲基化的子区域。接下来，coMethDMR使用随机系数混合效应模型测试子区域内甲基化和连续表型之间的关联，该模型同时模拟区域内CpG位点之间的变化和差异甲基化。

作者:Fernanda Veitzman [cre]， Lissette Gomez [aut]， Tiago Silva [aut]，宁丽姣[ctb]， Boissel Mathilde [ctb]， Lily Wang [aut]， Gabriel Odom [aut]

维护者:Fernanda Veitzman

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("coMethDMR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“coMethDMR”)

超文本标记语言	R脚本	coMethDMR与并行计算
超文本标记语言	R脚本	coMethDMR简介
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，GenomeWideAssociation，MethylationArray，软件
版本	1.3.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	AnnotationHub，BiocParallel，bumphunter，ExperimentHub，GenomicRanges，IRanges，lmerTest，方法，统计，utils
链接
建议	BiocStyle，corrplot，knitr，rmarkdown，testthat，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/TransBioInfoLab/coMethDMR
BugReports	https://github.com/TransBioInfoLab/coMethDMR/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	coMethDMR_1.3.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMethDMR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/coMethDMR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/coMethDMR/
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